Bölgede en eski yerleşim yeri arapuşağı mezrasıdır. 300-400 yıl önce yerleşim olduğu rivayet edilmektedir. Ancak mezra ile ilgili tarihi gelişimi burada ikamet edenler ve resmi kayıtlarda pek bilgi elde edilememiştir. Bayraktepe köyüne ilk yerleşim bundan 50 yıl önce 1951 yılında Kilis’in Ravanda köyünden göç edilip yerleşim olmuştur.
Köyün Mezrası olan Aslan Yaylası (Aslan yaylası ) Bayraktepe köyünden sonra kurulmuştur. 1953 yılında Kilis ili Musabeyli ilçesinden göçüp bu bölgeye yerleşmişlerdir. Yeni mahalle mezrası ise 1975 yılında Ali ÖZTÜRK’ten arazi alınarak Karakaya köyünden göç edilerek yerleşim olmuştur. Köyün eski adı Çakallardır.
Köyün olduğu yerde Askeri birlikler tatbikat yaptıkları sırada Türk Bayrağı diktiklerinden köyün ismi Bayraktepe köyü olarak değiştirilmiştir. Bayraktepe, İt yaylası ve Yenimahalle mezralarının 50-55 yıllık bir tarihi geçmişi bulunmaktadır. Bölgedeki en eski yerleşim Arapuşağı mezrasında olmuştur. İslahiye ilçesinin doğusunda ilçeye 20 Km uzaklıkta güneyinde Çubuk köyü ile kuzeyinde Katrancı ve İncegedik köyü güneydoğusunda alaca ve Kırkpınar köyü, Batısında Yelliburun ve Örtülü köyü ile sınırdır. Köy muhtarı Mehmet PARLAKYILDIZLAR’dır.